《火线追凶之冲破黑幕》以歌舞升平的大上海为背景，揭开繁华表象下暗流涌动的罪恶。一天，韩非（释小龙 饰）前往酒楼买菜时，意外撞见一名携带巨额现金、身带刺青的男子。男子随后与一名来自巡捕房的人拔枪对射，最终巡捕房人员中弹身亡，刺青男子则趁乱逃走。
探长钟朗（钟汉良 饰）与医科大学女教授于胜男（齐芳 饰）赶到后展开调查，发现死者是西捕房侦缉队成员，而凶手似乎来自麒麟帮。不久，西捕房探长李约翰（徐亮 饰）突然现身，声称要接手案件。面对这位傲慢冷酷的探长，以及他命令手下对案情闭口不谈的做法，钟朗察觉其中必有隐情。
随着嫌疑人阿连落网，审讯逐渐揭开案件背后的秘密：这起枪杀案不仅牵涉鸦片交易，西捕房内部人员也可能深陷其中。一场血腥而复杂的阴谋由此展开，隐藏已久的真相也在追查中慢慢浮出水面。
