《刀剑神域爱丽丝篇》中，桐人醒来时发现自己身处一座庞大而充满幻想色彩的虚拟世界。“这里……是哪儿……”登录前的记忆一片模糊，他只能在陌生的环境中四处徘徊，寻找离开的线索。
后来，桐人来到漆黑巨树“基家斯西达”旁，遇见了一名名叫尤吉欧的少年。尤吉欧是这个虚拟世界的居民，也就是所谓的“NPC”，却拥有如同人类一般丰富而真实的情感。随着两人逐渐熟悉，桐人一边与尤吉欧加深羁绊，一边努力寻找登出这个世界的方法。
与此同时，一段本不可能存在的记忆在桐人脑海中逐渐苏醒：幼年时的他，曾与尤吉欧一同在山野间奔跑。而在那段模糊的回忆中，除了尤吉欧……
