黑雀特工讲述了中情局秘密特工艾弗里的故事。执行任务期间，她结识了无国界医生大卫，并隐瞒自己的真实身份与他结婚。一天，大卫遭神秘团伙绑架，对方逼迫艾弗里从一名重犯那里取得情报，以换回丈夫的性命。她立即闯入监狱，却发现相关情报已经不翼而飞。
这份名为黑雀的文件据称存有全美高级别官员的秘密资料，一旦泄露，后果将不堪设想。为查明真相并救出大卫，艾弗里绑架了局长埃文斯，成功进入存放黑雀文件的数据公司。然而，她很快发现，文件并非所谓的官员秘密资料，而是一种能够控制全球互联网流量的超级病毒。幕后势力正以此为筹码，向各国勒索赎金。最终，艾弗里凭借智慧与勇气拦截了电脑病毒，阻止了一场足以令世界陷入动荡的危机。
