战斗王EX讲述了徐风踏上海博大学求学之路后，意外揭开父母失踪真相的故事。海博大学既是徐风父母曾经就读的母校，也是他一直向往的名牌大学。在学校实验室里，徐风与青梅竹马邱雨见到了古教授，并由此得知，父母失踪与他们神奇开启异度空间的经历有关。
为了救出父母、阻止时空崩塌，徐风和邱雨踏上了寻找晶石与陀螺战士的艰难旅程。他们一路开动脑筋、消除误会，与时间赛跑，并不断击败幽龙长老派出的“魔行者”。在异度空间正义长老莫能长老和古教授的帮助下，徐风、邱雨、董雷、伊电曈、耿焱五位陀螺战士最终集齐所有晶石。借助古教授研制的时空转换器，他们进入深层异度空间，奇迹般施展出“空间归宿”这一终极陀螺招术，与魔派长老幽龙展开决战。
最终，五位陀螺战士战胜幽龙，救出了徐风的父母，阻止了时空崩塌和世界毁灭，也让魔行者的魔心恢复成心。在晶石力量的作用下，异度空间终于恢复了原来的样子。
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