《轩辕剑 苍之曜》的故事发生在太白历99年。上古十大神器之一“太一轮”被刻上“太白克太辰”后，历史由此发生巨大转变。太白帝国凭借量产的“机关兽”及其强大武力，牢牢掌控神州大地，并将目光投向更为辽阔的疆域，企图取得天下。
帝国统治之下，神州各地烽烟不断，反抗军与太白帝国之间的战斗持续蔓延。面对由古代动力驱动、所向披靡的“机关兽”，一名反抗军少女手持传说中的神器“轩辕剑”挺身而出。然而，她的青梅竹马却已沦为帝国奴隶。即使自己的聚落曾遭到袭击，少年依旧无法抗拒机关术的魅力，逐渐深陷其中。
在经历生离死别与命运的种种安排后，两人一度以为彼此已经阴阳相隔，却又再次重逢。随着他们重新相遇，所有人的命运也被卷入历史不断向前的洪流之中。
