《十三妹粤语》的故事发生在清朝康熙年间。忠臣何大人遭奸人陷害，最终落得全家被抄斩的下场。为了营救父亲，何大人的女儿玉凤（黄杏秀 饰）毅然闯入法场，虽奋力砍了刽子手十三刀，却因对方身强体壮而落败，没能救回父亲，却因此在江湖上得到了十三妹的称号。
安骥（汤镇业 饰）是玉凤的青梅竹马，两人有着相似的悲惨遭遇。怀着共同的仇恨，他们结伴闯荡江湖，并立誓为各自的家人报仇。一次偶然的机会，玉凤和安骥遇见了康熙的妹妹双格格（翁美玲 饰）。双格格阴差阳错地爱上了女扮男装的玉凤，由此引发了一连串啼笑皆非的误会。与此同时，九难师太（李琳琳 饰）早已看穿双格格的真实身份，并企图利用她来完成刺杀康熙的计划。
