《皇帝不在的八月》以一场迫在眉睫的军事政变为主线展开。8月4日凌晨1时，日本自卫队的一辆巡逻车在盛岗市郊外被焚毁。8月15日上午10时30分，身在鹿儿岛的陆军自卫队察务部长江见为一郎，意外在危险分子名单中发现了女婿藤崎显正的名字。他赶到女儿杏子家中询问，杏子却告诉他，藤崎正在忙于运输工作。
当天18时30分，商报记者石森在博多火车站遇见了杏子。两人曾有过一段恋情，随后一同登上了“樱花”号特别快车。与此同时，东京首相官邸内，首相佐林召集紧急会议，商讨可能爆发的军事政变。20时15分，列车停靠下关车站，石森和杏子被带往一号车厢，发现藤崎也在那里，杏子因此感到不安。
21时，内阁情报室查明了政变幕后策划者大畑以及陆军自卫队将军真野的身份。江见随即逮捕真野，并在他的轿车里找到一份代号为“没有皇帝的八月”的政变计划。首相佐林于是下令采取先发制人的行动。21时50分，藤崎将炸弹安置在“樱花”号的各节车厢内，并以此威胁政府交出大畑。载有360名乘客的“樱花”号，宛如一枚伪装成列车的炸弹，在漆黑的夜色中疾驰向东京。
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