1989年的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，故事延续了第一集中维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔。维尼卡生产时，面对刚出生的蝇蛹当场受到惊吓而死。随后，苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰）被科研机构巴托工业园收养，由巴托工业的负责人巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养长大。巴托先生表面上将马丁视如己出，实际上却一直把他当作研究对象，通过摄像机秘密记录他的一举一动，并让他研究父亲生前设计的时空传送装置。马丁外表英俊，与普通人无异，却拥有惊人的生长速度和非凡的天赋。不久后，他与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）相爱。然而，潜藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，他也因此面临着变成下一个“苍蝇人”的可怕命运。
