《亨利小上帝》的故事发生在20世纪70年代的美国。帕特里夏（托妮·科莱特 Toni Collette 饰）与父亲斯坦（弗兰克·穆尔 Frank Moore 饰）相依为命。由于童年时期的痛苦经历，帕特里夏一直渴望拥有一个真正属于自己的孩子，于是她通过人工授精怀孕，并生下了儿子亨利（杰森·斯佩瓦克 Jason Spevack 饰）。
年仅9个月时，亨利便显露出远超常人的天赋与智商。然而，聪明并没有让他的成长更加快乐。随着年龄增长，亨利越来越想弄清楚自己的生父是谁。在外公斯坦的帮助下，他开始踏上寻父之路，并最终将目标锁定在名叫斯拉夫金（麦克·辛 Michael Sheen 饰）的男人身上。与此同时，亨利还得知，自己有一个同父异母的姐姐奥黛丽（萨曼莎·温斯坦 Samantha Weinstein 饰）。
