透明人2讲述了医学博士在派对上惨遭一名透明人杀害的案件。探员特纳（彼得·费辛利 Peter Facinelli 饰）和丽萨赶到现场调查时，却被告知案件已由国防部接管，而他们接到的新任务，是保护女生物学家道尔顿（劳拉·里根 Laura Regan 饰）。与此同时，透明人在杀死医学博士之前得知，能够让自己身体状况好转的缓冲药剂，只有道尔顿可以提供。
当晚，特纳与丽萨在保护道尔顿时遭到透明人袭击，丽萨不幸殉职。随后，军方突然包围现场，特纳这才意识到，道尔顿和自己都只是军方用来诱捕透明人的诱饵。愤怒之下，特纳带着道尔顿逃离军方控制，并要求她揭开透明人与军方之间错综复杂的联系。军方随即将特纳列为追捕目标，一场牵涉军方、透明人和特纳的阴谋与追踪就此展开。
