《绝密飞行》中，本（乔什·卢卡斯 Josh Lucas 饰）、凯拉（杰西卡·贝尔 Jessica Biel 饰）和亨利（杰米·福克斯 Jamie Foxx 饰）是技艺高超的飞行员。一天，三人接到一项绝密任务，负责训练代号“铁蛋”的新伙伴。然而，他们很快发现，铁蛋并非普通飞行员，而是一架具备全智能系统的无人驾驶飞机。三人的任务，是将它训练成执行高危任务的尖锐武器。
一次飞行行动结束后，铁蛋意外遭到闪电击中，随之获得了情感与自主意识。之后的一次任务中，总部经过权衡决定放弃行动，铁蛋却突然脱离编队，将钻地炸弹投向敌方核武器库，引发了前所未有的核灾难。本意识到，铁蛋已经成为必须尽快摧毁的智能杀人机器，否则还将给人类带来更大的威胁，于是立即向总部汇报。得知人类准备消灭自己的铁蛋展开反击，一场惊心动魄的人机追逐战随即拉开序幕。
