《空山灵雨》的故事发生在名为“三宝寺”的古刹。住持即将圆寂的消息传出后，江湖顿时风云暗涌，只因寺中珍藏着一部价值连城的手写经书《大乘起信论》。传言谁能继承住持衣钵，便有机会得到这件无价之宝。为慎重决定传承人选，住持请来了王将军（田丰 饰）、施主文安（孙越 饰）和悟外法师（吴家骧 饰）。除了悟外法师之外，王将军与文安都觊觎经书的价值，文安更带来了女飞贼白狐（徐枫 饰），以备不时之需。
住持座下有三名弟子，其中大师兄（石隽 饰）和二师弟早已被王将军、文安收买，唯有三师弟慧思（秦沛 饰）始终一心维护寺庙。就在众人各怀心思之际，一名叫邱明（佟林 饰）的男子来到寺中剃度出家。表面上，他是一个流犯，实际上却是蒙受冤屈之人。更令人意想不到的是，害得他含冤入狱、家破人亡的真正凶手，就藏身于这座寺庙之中。
