《独立日1996》讲述了未来某年7月2日发生的一场全球危机。美国各地监视站发现，一艘直径数百英里的巨大飞船正朝地球逼近。它发出的无线电信号干扰了地球通信卫星，并释放出多艘直径约15英里的子飞船，盘踞在世界各大城市上空。面对身份和目的不明的外星来客，人类陷入恐慌与混乱。
电脑工程师戴维（杰夫·戈德布拉姆饰）成功破译了外星信号，发现那竟是即将发动攻击的倒计时。他赶忙设法通知前妻、总统助理康妮，却没能阻止灾难降临。7月3日，外星飞船正式向地球开火，人类文明在顷刻间遭受毁灭性打击。总统（比尔·普尔曼饰）等人撤往军事基地，组织空军展开反击，但双方实力悬殊，抵抗几乎毫无效果，军事基地也最终被摧毁。危急关头，飞行员史蒂文（威尔·史密斯饰）成功诱使一架外星战斗飞艇坠毁。
幸存者随后逃往一处秘密军事基地。那里，多年来一直有科学家研究一艘五十多年前坠毁的外星飞船，并试图从中找出击败外星人的方法。这个基地，也成为人类最后的希望。
