在寂静的宇宙中，名为“贝蒂”的太空船正驶向“御夫座”星球。船舱里，数十名地球人被麻醉后冻僵，完全不知道自己即将面临的灾难。原来，军方与唯利是图的商人将他们诱拐上船，准备把他们送到“御夫座”，用作孵化异形女皇两百年前产下的蛋的宿主。
雷普莉（西格妮·韦弗 Sigourney Weaver 饰）如今已成为由异形女皇孕育、转世为人的异形人。她的基因中融合了异形基因，因此拥有异常强大的力量，身体状态也忽明忽暗，成了一个难以界定身份的“双面人”。与此同时，船上名叫考尔（维诺娜·赖德 Winona Ryder 饰）的年轻女人，正设法破坏这项孵化异形蛋的计划。当“贝蒂”抵达“御夫座”后，一场出人意料的变故随之发生。
