1937年，日军攻入南京，这座拥有六朝历史的古都在战火中沦为废墟，无数中国军民被困城内。一支由十几名国军德械教导队士兵组成的残部，在李教官（佟大为 饰）的带领下，从日军手中救出一批教会学校的女学生，却也因此失去了撤离南京的机会。劫后余生的书娟（张歆怡 饰）等人回到文彻斯特教堂，与她们同行的还有美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰），他受雇从远方赶来为去世的神父收殓遗体。此时，城中难民纷纷涌入安全区和教堂寻求庇护，十四名风尘女子也强行进入教堂避难。精通英语的玉墨（倪妮 饰）试图利用约翰的身份，为姐妹们争取更多保护。然而，教堂的墙壁终究无法抵挡日军的步步逼近，身处其中的所有人都将被迫面对生死抉择。
