超级大坏蛋讲述了这样一个故事：很多年前，银河系另一端的两颗行星被黑洞吞噬，两个尚在襁褓中的外星孩子乘坐飞行器来到地球。他们分别在截然不同的环境中长大，最终形成了迥异的性格，也走上了完全不同的人生道路。仪表堂堂、正气凛然的孩子成长为守护城市和平的城市超人，由布莱德·彼特 Brad Pitt 配音；而相貌猥琐、长着蓝色皮肤和硕大脑袋的孩子，则变成了危害百姓安宁的大坏蛋麦克迈，由威尔·法瑞尔 Will Ferrell 配音。
多年来，两人始终处于对立之中，争斗从未停止。城市超人博物馆开幕当天，麦克迈成功越狱，并劫持了美丽的女主播罗珊，由蒂娜·费 Tina Fey 配音。随后，在天文台展开的终极决战中，麦克迈终于击败了这个纠缠多年的宿敌，并彻底统治了整座城市。
然而，胜利的喜悦并没有持续太久。失去对手后，麦克迈很快感到无聊至极。一次偶然的机会里，他受到罗珊的启发，决定亲手创造一位新的正义英雄，让城市重新恢复从前那种势均力敌的对抗与乐趣。只是，事情的发展很快偏离了他的预想，并逐渐走向一个无法预测的方向……
