《相棒剧场版3》讲述了发生在东京以外三百公里凤凰岛上的一桩离奇命案：一名人员遭马匹踩踏身亡，杉下右京（水谷丰 饰）的前搭档神户尊（及川光博 饰）也因此找上门来。原来，这座私人小岛被提供给一支拥有自卫队背景的民兵组织充当训练基地，而该组织似乎还涉嫌制造生化武器。受警察厅次长甲斐峰秋（石坂浩二 饰）指派，神户命令杉下右京与搭档甲斐享（成宫宽贵 饰）以调查命案为名登上凤凰岛，暗中搜寻生化武器的相关证据。在民兵组织负责人神室司（伊原刚志 饰）的带领下，特命系二人来到事故现场。凭借敏锐的观察力，杉下很快察觉，这起看似意外的死亡事件背后，或许隐藏着人为操纵的痕迹。随着伊丹（川原和久 饰）等人赶来，众人逐步接近真相，却不料心怀鬼胎的政要突然下令自卫队对他们展开行动……
