《木兰从军1939》的故事发生在北朝。战事骤起，朝廷下令征兵，规定每户必须派出一名男丁上阵。华世荣年事已高，虽有一子，却因年幼不能出征。眼见父亲为此忧心，长女花木兰（陈云裳饰）毅然女扮男装，代父从军。
此后的三年间，花木兰与将士们同吃同住，始终小心隐藏自己的女子身份，同时凭借勇敢和才干屡立战功，赢得了战友与将军的信任。她尤其与战友刘元度交情深厚，两人建立起牢固的友谊。一次偶然的机会，木兰识破敌军设下的圈套，便与刘元度假扮兄妹，深入敌后，最终帮助己方取得大胜。
战争结束后，花木兰一方赢得胜利。回朝时，她谢绝皇帝的赏赐，选择返回故乡，继续侍奉父亲。
