《新宿事件》将故事置于20世纪90年代的中国东北。铁头与秀秀彼此相爱，然而秀秀作为二战遗孤回到日本后便与他失去联系。始终惦念着秀秀的铁头偷渡到日本，投奔同乡阿杰，和其他华人偷渡客一起过着充满风险的黑工生活。
此时，秀秀已经改名为结子，并嫁给了日本黑帮三和会的若头江口利成。铁头亲眼目睹这一切后深受打击，却决定靠自己的方式拼命赚钱，争取留在日本。他们的生财之道很快触犯了台南帮的利益，阿杰也因此被斩断右手。随后，铁头跟踪台南帮老大高捷，意外发现了一场围绕黑帮利益展开的仇杀阴谋，而他和身边的朋友也被一步步卷入其中。
