《我的锦鲤男友》以两条交织发展的故事线展开。其一，围绕玉蕾集团的权力争斗与神秘配方争夺，展现现实中对权力和利益的残酷追逐。许智宏凭借强烈的贪欲与权力欲建立起自己的商业帝国，却因无止境扩张、行事不择手段，最终走向毁灭。在众叛亲离之后，他不仅承受永久的伤痛，也将面对法律的制裁，落得恶有恶报的结局。
另一条故事线则聚焦男女主人公曲折而离奇的情感姻缘。杨辰始终保持对生活的热情，坚守自己的爱情，珍视邻里之间的温情，并在面对恶势力时展现出果敢与担当，最终实现失而复得。林若溪身负家族重任，却依然砥砺前行，以柔弱之躯周旋于各方势力之间，最终不负家族之名，与杨辰有情人终成眷属。大团圆的结局弘扬了“真善美”，也传递出男女主人公积极向上的正能量。
