《巨鳄风暴》的故事发生在美国佛罗里达州的一座小镇。猛烈飓风突袭而来，居民们在毫无防备的情况下陷入危机。身为游泳运动员的海丽（卡雅·斯考达里奥 Kaya Scodelario 饰）正在训练时接到姐姐的电话，得知父亲戴夫（巴里·佩珀 Barry Pepper 饰）失踪了。
政府随即下令所有居民撤离小镇，但海丽放心不下父亲，还是冒险返回他的住处。她在地下室发现了身受重伤的戴夫，若不是及时赶到，父亲恐怕已命悬一线。此时，洪水正不断涌入地下室，父女二人的处境愈发危险。很快，海丽意识到，他们要面对的并不只是肆虐的洪水，水面之下还潜伏着凶残而可怕的黑影。
