《少年名捕》以明万历年间为背景。朝廷授命世代簪缨的慕容家，组建了一个专门处理江湖与庙堂事务的组织，并广纳各路武林高手，其中既有少林、武当等名门弟子。由于衙门东、南、西三面各设两扇门，共有六扇门，这一组织便被世人称为六扇门。
故事围绕越飞、吕青锋、霍锦烟、陈思瑶四位少年展开，交织讲述他们的成长经历与行侠仗义之路。四人初入江湖，经历战火洗礼后，逐渐懂得国家兴亡、匹夫有责的道理，也明白习武之人应当为国为民尽一份力。为了抵抗倭寇，他们正式加入六扇门，开启了全新的生活。
然而，江湖风波并未因此平息，反而愈演愈烈。一场惊天阴谋正在暗中缓缓展开，四位少年也将迎来更加严峻的考验。面对未知的危险，他们始终无所畏惧、并肩前行，最终成长为名震一方的少年英雄。
