子夜叹息讲述了一桩发生在日本人开办的女子高校里的诡异事件。学校总务井上春子独自住在宿舍中，每到午夜，墙上悬挂的天皇画像便会发出令人毛骨悚然的叹息声，宿舍里的人甚至会在毫无察觉的情况下被“搬走”。日本宪兵随后派人入住调查，然而叹息声依旧没有消失，三名宪兵还被发现赤身裸体地搬到了操场上。日本方面又请来专家，携带先进仪器进行探测，却始终一无所获。
就在叹息声和“鬼搬家”之谜尚未解开之际，校园内又接连出现异常现象。深夜时分，一个女鬼常常出现在宿舍墙根，一边哭泣，一边缓缓行走。紧接着，学校食堂和礼堂又莫名其妙地相继起火。面对接踵而来的怪事，这所学校里究竟隐藏着怎样的真相？校园中真的存在鬼魂吗？
