《奔跑吧，少年》讲述了来自乡村的阿峰和生活在城市的俊杰的故事。两人都与母亲相依为命。为了增强学生体质、丰富暑期生活，市教委组织了一场跑步比赛。怀着各自的目标，阿峰和俊杰站上了同一条起跑线，都希望赢得冠军。
在备赛过程中，他们经历了误会与怀疑，也携手帮助失学女孩苗苗实现了重返校园的愿望。最终，两人如愿站在决赛的起跑线上。成长环境不同的他们，都曾遭遇突如其来的家庭变故和生活困境，却始终为了家庭、梦想以及懵懂而纯真的感情，保持坚强乐观、不向困难屈服的态度。他们用奔跑向困境发起挑战，在比赛中收获了友谊，也逐渐成长为能够独立面对比赛、勇敢面对生活的少年。
