《刺杀盖世太保》讲述了青年海德里希（杰森·克拉克饰）与丽娜（裴淳华饰）的故事。两人在一场舞会上相识，海德里希很快对丽娜一见钟情，并认同她的纳粹思想。婚后，在丽娜的帮助下，海德里希加入纳粹党卫军，逐渐成为屠杀犹太人的刽子手，也因此被列为“类人猿”行动的刺杀目标。
为执行这项任务，扬·库比斯（杰克·奥康奈尔饰）和约瑟夫·加比希克（杰克·莱诺饰）秘密潜入布拉格，在捷克反抗组织的协助下筹划行动。期间，扬与少女安娜（米娅·华希科沃斯卡饰）相遇并萌生了一段凄美的感情。然而，持续蔓延的屠杀和迫在眉睫的任务，让所有人都明白时间所剩无几。随着屠杀仍在继续，刺杀行动也终于拉开序幕……
