《便当盒里的小秘密》讲述了斯坦利的故事。斯坦利是个活泼开朗、讨人喜欢的小男孩，既多才多艺又古灵精怪，在学校里人缘很好。不过，他身上最引人注意的地方，是从来不带便当到学校。每到午休时间，他便想方设法避开同学们用餐，独自到街上闲逛消磨时间，饿了就只能喝凉水充饥。
面对伙伴们的疑问，斯坦利总能编出各种理由搪塞过去。善良的同学们察觉到他的困境后，纷纷主动分享自己的午餐，希望能帮他度过难关。可学校里出了名的严厉老师卡多也是个从不带盒饭的人，因为斯坦利的出现，他没办法再享用学生们带来的美味午餐，于是怒不可遏地辱骂、羞辱斯坦利，甚至下令让他不带便当就不许来学校。
令人意外的是，斯坦利此后真的连续多日没有再回到学校。随着日子一天天过去，同学们越来越担心他的处境，对卡多老师的不满也不断加深。原来，斯坦利之所以从不带便当，背后藏着一段他始终不愿向任何人诉说的苦衷。
