《宇宙小子第三季》讲述了少年史蒂文代替母亲加入宝石生命体群体，并逐渐学习掌控自身力量的故事。故事发生在虚构的海滩城，永生的外星战士水晶宝石们居住在海边一座古老的神殿中，肩负着保护世界、对抗邪恶的使命。她们依靠体内作为核心的魔法宝石，投射出女性人类的外形。
水晶宝石成员包括石榴石、紫水晶、珍珠，以及年轻的半人类半宝石男孩史蒂文。史蒂文继承了母亲玫瑰石英的宝石，而玫瑰石英曾是水晶宝石的领袖。为了弄清并掌控自己从母亲那里继承的力量，史蒂文有时陪伴人类父亲格雷格，与好友康妮和海滩城的居民相处，有时则和其他宝石伙伴一起行动，无论是拯救世界，还是单纯共度时光。他逐渐探索出自身能力，其中包括融合——宝石能够合并彼此的身份与身体，形成全新且更加强大的个体。
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