《银魂剧场版：新译红樱篇》的故事设定在日本江户时代。一天夜里，神秘男子手持妖刀“红樱”出现在武士桂小太郎（石田彰 配音）面前，提出要与他试刀。自那之后，桂便神秘失踪。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）只好找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托两人寻找桂的下落。
与此同时，银时（杉田智和 配音）也接下了追查妖刀“红樱”的任务。这把刀正流落在外，沿途不断作恶。随着调查深入，三人的线索最终指向一艘悬浮于空中的飞艇。由于飞艇远离警察管辖，船上的恶势力在那里肆意横行。银时也在飞艇上重逢了昔日战友、如今的对手高杉晋助（子安武人 配音）。此时，高杉正率领鬼兵队，策划着摧毁江户的行动。
面对穷凶极恶的恐怖分子和暴虐嗜血的妖刀“红樱”，身负重伤的银时能否成功脱身，并阻止江户陷入毁灭？本片重新演绎了《银魂》动画中的“红樱篇”，同时加入了原作该篇章中未曾登场的真选组，让他们在这场危机中发挥重要作用。
