《妄想学生会第二季》的故事发生在私立樱才学园。这所学校原本是一所女子高中，随着社会潮流的变化，校方决定向男生开放。开放招生的第一年，学校仅录取了二十八名男生，而他们需要与五百二十四名女生共同度过校园生活。
津田隆利（浅沼晋太郎 配音）正是这二十八名男生之一。一次偶然的机会，他意外加入了学生会，从此开始了与三位性格各异的女生朝夕相处的校园生活。学生会会长天草筱（日笠阳子 配音）外表端庄秀丽，脑洞却格外惊人，妄想能力也十分强大；七条天空（佐藤聪美 配音）成熟可靠，却常常语出惊人；荻村铃（矢作纱友里 配音）拥有超高智商，性格却像小学生一样傲娇。在这三位古灵精怪的少女陪伴下，津田隆利的校园生活正式拉开序幕。
