《忍之一时》的世界里，忍者被认为根本不存在。即使他们真的存在，也绝不会向世人暴露身份，因此在表面上，忍者始终只是传说。
樱羽一时原本和大家一样，相信忍者并不存在，是个过着平凡生活的普通男孩。他本应拥有幸福而光明的未来，却在某天突然遭到追杀，并得知袭击者竟是甲贺忍者。因为一时其实是历史悠久的伊贺忍者家族第十九代正统继承人，才会成为甲贺的目标。
伊贺与甲贺长期对立，而甲贺正企图侵略伊贺。为了活下去，一时别无选择，只能成为忍者，就此踏入一个不为世人所知的忍者世界。他必须接受训练、学习战斗，在重重困境中成长为真正的忍者。然而，这段经历仅仅是一时走向残酷命运的序章。
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