迷途猫OVER RUN讲述了都筑巧与没有血缘关系的姐姐都筑乙女共同经营西点店stray cats的故事。由于店里生意惨淡，乙女又天然迷糊，喜欢把各种东西捡回家，巧常常因此头疼不已。更让他无奈的是，乙女的糕点制作技术和店铺经营能力非但不够出色，反而令这家本就岌岌可危的西点店雪上加霜。幸好有青梅竹马泽文琴乃从旁帮助，巧的生活一直勉强维持着平静。
然而某天，乙女突然捡回了一只外表酷似傲娇少女的流浪猫。这个名叫雾谷希的女孩让巧一度大喊着要把她丢掉，却又因为她在制作蛋糕方面展现出的惊人天赋，最终决定将她留在店里帮忙。于是，在一群朋友的陪伴下，巧与这只流浪猫之间热闹而快乐的日常就此展开。
