《神枪少女第二季》的故事发生在现代意大利的城市中。政府机构“社会福祉公社”表面上是一家收容重度伤残少女、为她们提供治疗、照护与职业训练的福利机构，实际上却将这些少女改造成义体，并通过药物进行洗脑和制约，把她们训练成打击恐怖分子的战斗尖兵。
每名少女都会配有一位辅佐官，两人组成名为“fratello”的搭档组合。这个词在意大利语中意为“兄妹”。由于受到药物与心理制约，少女们对各自的辅佐官怀有一种融合了爱情与亲情的绝对忠诚。
与社会福祉公社对立的恐怖组织被称为“五共和国派”。该组织的政治诉求源自以意大利北部为据点的“北部同盟”（Lega Nord）党首Umberto Bossi所倡导的主张，要求意大利北部8省及中部3省，包括托斯卡纳（Toscana）、翁布里亚（Umbria）和马尔凯（Marche），脱离意大利共和国并实现独立，并以此为目标展开武装斗争。不过，这一恐怖组织是虚构设定，现实中的意大利并不存在“五共和国派”，真实存在的“北部同盟”也不支持恐怖活动。
