《魔法学园MA》讲述了一个隐藏在现代社会中的魔法学园，以及一场由神秘少女引发的骚动。羽濑川拓人是个极其普通的高中生，无论做什么都毫不起眼，成绩和表现始终处于平均水平，因此还被同学戏称为“2年B班平均分数计算机”。然而，看似平凡的他，其实是魔法学园中的魔法师候补生。为了成为正式魔法师，拓人必须接受各种艰难的竞技测验。
在“召唤实技Ⅱ”的补考中，拓人意外召唤出一名拥有兽耳的美少女塔娜罗特。她的魔力值超过十万，神格值达到五千，属性却完全不明，真实身份更是充满谜团。塔娜罗特的出现不仅令魔法学园陷入混乱，还牵动了神界与魔界。为了防止她再次失控，学园强迫拓人、铃穗和塔娜罗特开始三人同居生活。
没想到，塔娜罗特和铃穗为了争夺拓人，竟在学园里展开激烈冲突，最终把学校闹得一片狼藉，拓人也因此被处罚，只能在家闭门思过。就在三人的混乱生活尚未平息之际，一场与他们毫无关系的阴谋，正悄悄向他们逼近。
