《亡念的扎姆德》讲述了发生在尖端岛上的故事。这座被油泥海包围的小岛，在70年前的战争后被“南大陆自由圈”接管。アキユキ与母亲共同生活在岛上，经营小诊所的父亲则与他们分开居住，过着聚少离多的生活。
某天上学途中，アキユキ和好友ハル、フルイチ卷入了一场爆炸事故。爆炸物释放出的神秘光线照射到アキユキ的手臂，使他变身为名叫“ザムド（Xam'd）”的怪物。失去自我、陷入暴走的Xam'd面前，出现了一名红发的异国少女ナキアミ。她制止了Xam'd的失控，并将アキユキ带上了国际邮船ザンバニ号。
为了掌控体内Xam'd的力量，并最终回到尖端岛，アキユキ与在ザンバニ号上结识的伙伴们一同踏上了环游世界的旅程。
