《魔法少女网站》讲述了高中女生朝雾彩的故事。她在学校里长期遭受同学欺凌，回到家还要面对哥哥的虐待，精神几近崩溃时，意外进入了“魔法少女网站”，并获得了一根能够赋予她魔法力量的魔法少女手杖。
某天，朝雾彩再次遭到同学欺负，情急之下使用了手杖的力量。那名同学突然从她眼前消失，随后被传送到远离彩的地方，最终悲惨死去。彩因此背负上强烈的罪恶感。然而，魔法少女手杖并不能无限使用，每发动一次力量，使用者的寿命就会缩短；当魔法少女手上的纹章完全消失时，她也将迎来死亡。
在这个世界中，共有18个魔法少女网站，也就意味着至少存在18名魔法少女。尽管因意外杀死同学而深感自责的朝雾彩拥有近乎圣母般的性格，其他魔法少女却为了夺取彼此的手杖展开争斗，一场残酷的魔法少女之战也由此拉开序幕。
