《噬魂师》的故事发生在死神武器职业专门学校，简称“死武专”。这里的学生分为“工匠”和“武器”两类，据说只要收集99个鬼神的灵魂，再加上1个魔女的灵魂，武器便能进化为最强的死神武器“DEATH SCYTHE”。
以成为最强工匠为目标的镰刀工匠玛嘉，与她的武器SOUL一起踏上了充满艰难考验的修行之路。与此同时，暗器工匠BLACK STAR和他的武器务椿，以及死神之子死神•德•基德与他的双枪武器姐妹，也为了同样的目标不断成长。三组少男少女在并肩战斗与相互较量中逐渐蜕变，而他们所在的“死武专”也始终笼罩在危机之中。神秘的魔女美杜莎暗藏阴谋，死神大人更是寸步不离地留在“死武专”，仿佛正竭力守护一个惊天秘密。
