《火影忍者剧场版：终章》的故事发生在第四次忍界大战结束两年后。此时的漩涡鸣人（竹内顺子配音）已经成为备受世人敬仰的英雄，无论走到哪里，都能收获女孩子和孩子们的热烈追捧，而他似乎也很享受这份热闹与关注。相比之下，日向雏田（水树奈奈配音）依旧安静地站在人群之外，默默注视着自己暗恋多年的鸣人。她亲手织好了一条围巾，却始终没有勇气亲手交给他，更难以坦白自己的心意。
某天夜里，雏田的妹妹花火（浅井清己配音）被神秘人物掳走，附近山坡上也坠落了一颗燃烧的陨石。为营救花火并阻止地球陷入毁灭危机，鸣人、雏田、小樱（中村千绘配音）、鹿丸（森久保祥太郎配音）和佐井奉命展开调查，试图查明舍人（福山润配音）的真实身份。调查过程中，鸣人意外得知了雏田一直深藏的心意。本片的故事时间介于《火影忍者》漫画第699话与第700话之间。
