《重神机潘多拉》的故事发生在2031年。作为次世代能量装置开发的“量子反应堆”发生暴走事故，世界因此陷入剧变。自地下突然蔓延的闪光吞噬了城市楼群，覆盖广袤大地，并催生出一种融合生物、机械与植物特征的未知特异进化生物——“B.R.A.I”。
七年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。这座城市以惊人速度完成进化，成为抵御B.R.A.I、守护人类免于灭亡危机的最后希望要塞。命运将雷昂、可依、坤灵和道格引向新翔龙，而塞西尔、凯恩、杰与格伦则在防卫军中迎接他们的到来。就这样，一支赌上人类存亡的特殊部队“潘多拉”正式诞生。契约缔结之际，人类最后的希望也交到了他们手中。
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