《刀剑神域第三季》中，桐人醒来时，发现自己身处一个规模庞大、充满幻想色彩的虚拟世界。对于登录之前发生的一切，他的记忆异常模糊，只能在陌生的环境中四处寻找线索。
一路追寻后，桐人来到漆黑巨树“基家斯西达”附近，并在那里遇见了名叫尤吉欧的少年。身为这个虚拟世界居民的NPC，尤吉欧却拥有与人类无异的丰富情感。随着两人逐渐熟悉，桐人一边与尤吉欧建立起深厚的羁绊，一边寻找离开这个世界的方法。
与此同时，一段本不应存在的记忆在桐人脑海中慢慢苏醒：幼年时，他曾与尤吉欧一同在山野间奔跑。而在那段遥远的回忆里，还出现了一名金发少女。她的名字叫爱丽丝，是桐人绝不能忘记的重要之人。
