位于东京西部的学园都市，是一座拥有230万人口的庞大都市，其中约八成居民都是学生。这里推行着专门的超能力开发课程，学生的能力按照“无能力Level 0”至“超能力Level 5”划分为六个等级。
高中生上条当麻也是学园都市的一员。由于右手隐藏着能够消除一切异能之力，甚至连神的加护也无法幸免的“幻想杀手Imagine Breaker”，他被判定为排名垫底的“无能力者”，始终过着充满不幸的生活。
然而，在暑假开始之际，一名从天而降的纯白修女改变了上条的日常。自从遇见逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录茵蒂克丝”后，上条便接连卷入一桩桩事件。在与茵蒂克丝有关的魔法势力，以及统率学园都市的科学势力之间，他一次次惊险地解决纷争，身边的人际关系也逐渐扩展开来。
此时，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教终于注意到了上条的存在。与此同时，仿佛与魔法势力相互呼应，科学一方的学园都市也开始采取行动。面对逐渐走向对立的世界，许多人挺身而出，试图与不断变化的局势抗争。这些因与上条产生关联而彻底改变命运的“英雄”们，也将如同上条当麻曾经做过的那样，站出来直面整个世界。
当科学与魔法第三次交织，故事将迎来大幅推进。
