《神曲奏界 Polyphonica Crimson S》以由精灵、人类与神曲共同构成的世界“POLYPHONICA”为舞台。这里，人类与精灵共同生活在同一片大陆上。精灵拥有神奇的力量，为人们创造奇迹，而她们则以人类演奏的音乐为食，并借此将自身的力量施展到世界的各个角落。
精灵通常以隐身状态存在，少数拥有强大力量的精灵则会化身为人类或动物，融入社会，成为人类亲近的伙伴。能够用特殊音乐操控精灵、发挥其力量的演奏者，被称为“神曲乐士”，并享有崇高的地位。
塔塔拉·弗洛恩是培养神曲乐士的弗德神曲学院学生。他意外与最强的精灵寇缇卡露特缔结了契约，却因为无法演奏至关重要的神曲，面临无法顺利晋级的困境。故事围绕学院生活展开，描绘了塔塔拉·弗洛恩与寇缇卡露特之间的爱情，以及两人在相处与磨炼中的成长。
