吾妻玲二（入野自由配音）原本只是一个平凡少年，却因一次意外卷入黑社会的暗杀行动。作为事件的目击者，他被组织列入“消抹名单”。组织中的洗脑专家家塞斯（千叶一伸配音）察觉到玲二潜藏的强大能力，便抹去了他的记忆，将其命名为Zwei，并着手把他训练成新一代的顶级杀手。
负责指导玲二训练的少女名为Ein（高桓彩阳配音），她同样失去了自己的过去。外表冷静镇定的Ein，内心始终被“人”与“机器”之间无法调和的冲突所折磨。与玲二相处的过程中，她逐渐找回了被压抑的人性，也开始意识到自身正身处危险之中。为了不再任由组织摆布，Ein与玲二达成约定，决心摆脱组织的控制，重新追寻属于自己的自由生活。
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