2000年，长野山中的九郎岳正在进行一处神秘遗迹的挖掘。遗迹深处，一具佩戴着石化腰带的古代尸体被封存在棺木之中。调查团打开棺木的瞬间，也意外唤醒了它的死敌古郎基。随后，调查团遭到未确认生命体袭击，无一幸免。为了寻找案件线索，长野县刑警一条薰来到遗迹现场展开调查，却遇到一名擅自闯入的青年。被拦下后，青年自称是冒险家五代雄介。
与此同时，复苏的未确认生命体出现在长野近郊，肆意袭击人们，甚至闯入警察局。雄介感应到警方保管的遗迹出土腰带状遗物中传来的战士形象，凭借冒险家的直觉将腰带戴在腰间。刹那间，他的身体被装甲覆盖，并化身为战士。经过一场激烈苦战，变身后的雄介终于击倒了袭击警局的未确认生命体。
随着未确认生命体接连现身于东京等大城市，五代雄介决心挺身而出，为了让身边的人远离恐惧、守护他们的笑容而战。新一代假面骑士空我由此诞生。
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