《会长是女仆》讲述了鮎沢美咲（藤村歩配音）的校园故事。童年经历令她对男性失去了信任，而与母亲和妹妹相依为命的生活，也迫使她不得不承担起原本属于男孩子的责任。久而久之，美咲养成了强势要强的性格，在他人眼中显得不太讨喜。
就读于星华高中的美咲，成为学校历史上第一位女性学生会会长。虽然她为此深感骄傲，却也因此承受着来自各方面的压力。为了补贴家用，她还偷偷在女仆咖啡馆打工，最担心的就是自己身穿女仆装的秘密被同学发现，从而损害会长的威严。
然而，同校的碓冰拓海（冈本信彦配音）还是意外得知了这个秘密。拓海不仅没有取笑美咲，反而在她数次陷入困境时及时出手相助。相处之中，美咲逐渐对拓海产生好感，而拓海也被她坚强而认真的个性所吸引。一段特别的校园恋情就此拉开序幕。
