《花与爱丽丝杀人事件》讲述了初中女生有栖川彻子（苍井优配音）的故事。父母离婚后，她转学来到石之森学园，却发现同学们总是用异样的目光打量自己，甚至刻意与她保持距离。听同班同学睦美说，彻子如今使用的课桌，前主人曾卷入一桩被称为“犹大及其四位妻子的杀人事件”；而在这张桌子后面，还有一张属于荒井花（铃木杏配音）的课桌。花长期缺课，偏偏还是彻子现在的邻居。
为了查明那起杀人事件的真相，彻子给自己取名“爱丽丝”，鼓起勇气闯入花的家中，并由此逐渐了解到有关“犹大”的种种往事。以这次相遇为契机，两个性格古怪却聪明可爱的女孩，开始了一段珍贵而特别的友谊。
