《哥斯拉：噬星者》是哥斯拉系列的第三部，也是最终章。21世纪初，地球被哥斯拉夺走后，人类曾将部分同胞送往其他恒星系，试图寻找新的家园，却以失败告终。多年后，失意的人类重返故乡，等待他们的却是两万年后的地球：所有动植物都因哥斯拉细胞而发生异变，整颗星球成为“怪兽行星”，而统治这里的，是身高超过300米、史上最庞大的哥斯拉——“哥斯拉·地球”。
一心想要消灭哥斯拉的晴男，与人类后裔种族弗图亚相遇。在弗图亚双子姐妹玛伊娜和米亚娜的带领下，他发现了仍在不断增殖的决战兵器机械哥斯拉的残骸。人类利用残骸中的纳米金属，使武装要塞都市“机械哥斯拉都市”重新启动，并向“哥斯拉·地球”发起挑战。
然而，战斗进行期间，曾与人类共同生活的异星种族比尔沙尔德与人类之间的矛盾逐渐公开化。比尔沙尔德首领加尔格坚信，想要战胜哥斯拉，就必须成为超越“人”的存在；晴男却始终认为，人类不应为了消灭怪兽而变成怪兽，应该以人的身份将其击败。最终，他放弃了杀死“哥斯拉·地球”的唯一机会，并亲手杀死加尔格。与此同时，晴男的青梅竹马优子因比尔沙尔德实施的人体强制纳米金属化而陷入脑死亡状态。
接连的失败让人类陷入败北感与虚无之中。此时，另一支异星种族、信奉宗教的埃克西弗族大司教梅特菲斯，将晴男能够从战斗中生还一事宣称为“奇迹”，借此不断吸纳信徒，而这正是埃克西弗隐藏的“终极目的”。米亚娜与玛伊娜对埃克西弗保持警惕，晴男也开始重新思考，自己作为一个“人”究竟应该做些什么。
就在这个无人能够击败“哥斯拉·地球”的地球上，覆盖着金色光芒的“基多拉”突然降临，一场撼动天地的超次元决战就此展开。“哥斯拉”究竟是什么？人类真正应该走向何方？晴男最终将见证怎样的未来？所有答案，都将在这一最终章中揭晓。
