《河童之夏》讲述了小学生上原康一与小河童小咕相遇后的故事。暑假即将到来的一天，康一放学回家时捡到一块奇怪的大石头。带回家用水冲洗后，石头里竟蹦出一只小河童。它朝康一发出“咕”的叫声，康一便给它取名为“小咕”。
小咕不仅会说人类的语言，还告诉康一，自己已经被埋在地下几百年。很快，康一和小咕成了亲密的朋友，他们一起吃饭、洗澡、睡觉，上原家的其他成员也逐渐接受了这个意外到来的小客人。为了不引起外界注意，小咕的存在成了这个家庭共同守护的秘密。
一天，小咕提出想回到故乡，与同伴们生活在一起。为了让它看看外面的世界，康一悄悄带着小咕出门。可眼前的环境早已发生巨大变化，曾经适合河童生存的地方如今已面目全非，小咕始终找不到自己的伙伴。看到它失落的样子，康一也十分难过，于是决定陪它一起旅行，前往仍保留着河童传说的远野县。
在远野美丽的自然环境中，小咕终于找到了适合生活的清澈河流，开心地游了起来，康一也由衷替它高兴。然而，他们依旧没有发现其他河童的踪迹。后来，康一听见村民谈论“抓住一只河童能得到一千万日元”，意识到小咕可能会遭遇危险，便赶紧带着它离开了远野。
回到家后，康一意外撞见一名小报记者。记者听说上原家养着一只河童，执意要拍下小咕的照片。就这样，小咕的秘密最终暴露在众人面前。康一的父亲也受到公司要求，必须让小咕登上电视节目。为了不连累上原一家，小咕答应参加节目，却在现场嘉宾中发现了一个与杀害自己父亲的凶手长得极其相似的人。
恐惧笼罩着小咕时，电视节目现场突然发生意外。它拼命逃了出去，却发现无论跑到哪里，都被黑压压的人群包围。为了躲避令自己害怕的人类，小咕一路爬上东京塔。炎炎夏日下，烈日将它晒得精疲力竭。俯瞰着这座城市，小咕孤独地喃喃自语：“哪里都找不到一个安静的地方，这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”
