选择感染者WIXOSS讲述了初中二年级学生小凑露子（加隈亚衣 配音）的故事。性格内向老实的她转学后，始终无法自然地融入新环境，而没有手机也让她与同学之间的交流更加困难。为了帮助妹妹迈出与人交往的第一步，哥哥步送给她一款当下流行的卡牌桌游WIXOSS。
在这场游戏中，玩家能够使用卡片展开战斗，传闻获胜者便有机会实现自己的愿望；但如果连续三次落败，不仅愿望无法实现，还会与游戏中的LRIG交换身份。就这样，露子遇见了LRIG小玉（久野美咲 配音），并通过WIXOSS结识了红林游月（佐仓绫音 配音）、植村一衣（茅野爱衣 配音）、苍井晶（赤崎千夏 配音）等人。一场属于少女们的战斗游戏，就此全力展开。
