《凉宫春日的消失》讲述了圣诞节前八天发生的一场异常变故。12月18日清晨，阿虚突然发现身边的世界悄然改变：1年9班凭空消失，朝比奈学姐对他视若陌生人，早已死去的朝仓凉子竟取代凉宫春日，坐在他的身后，而春日本人则彻底失去了踪迹。
阿虚赶到SOS团教室后，只见长门有希独自坐在角落里看书。这个往日冷静淡然、宛如“长门大神”的女孩，如今却变成了胆怯羞涩的普通女生。结合前一天长门留下的蛛丝马迹，阿虚逐渐意识到，眼前的世界似乎已经被某个人重新改写。此刻，他手中握着连接两个截然不同世界的钥匙，也不得不面对一个足以改变一切的重大选择。
