《命运石之门》的主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是一名沉迷中二幻想的大学生。他自称“凤凰院凶真”，并与伙伴们成立了“未来发明研究所”，在秋叶原一间简陋的实验室里专心捣鼓各种古怪发明、展开离奇调查。
2010年7月28日，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）前往科学讲义会场，却在那里遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。随后，冈部在会馆楼道中听见一声惨叫，循声赶去时，发现牧濑倒在血泊之中。他立刻用手机短信将这一消息告知好友桥田至，没想到这一举动竟引发了世界进程的彻底变化。
实验室中那个被称作“未来道具”的装置，原来真的拥有改变世界走向的力量。自此，冈部成为独自注视一切变化的观测者，而所有发生的一切，都指向同一个选择——命运石之门。
